La tala inmoderada, incendios, construcción de infraestructura, apertura para campos agrícolas y ganaderos, carreteras, presas, etcétera, reducen y fragmentan el hábitat del jaguar.

Cacería y captura ilegal de jaguares: la cacería por represalia, por temor o por simple deseo de cazarlos, provoca que la población de jaguares sufra pérdidas considerables. La muerte de hembras deja crías huérfanas que mueren, y en algunos casos son recuperados y son vendidos como mascotas.

Cacería ilegal de las presas del jaguar, venados y pecaríes: la cacería ilegal en el área de distribución del jaguar es muy extendida. Algunos cazan por necesidad, otros por comercio. La falta de presas es evidente en algunos lugares como Marismas Nacionales, Sierra de Vallejo, Sierra de Zapotán, Sierra de San Juan y la Sierra Madre Occidental (Núñez, datos no publicados).

Conflicto ganadero-jaguar: el conflicto con el ganado afecta a la población de jaguares desde tres puntos: destruye la vegetación, desplaza a las presas y por la persecución del jaguar por atacar al ganado.

Transmisión de enfermedades: la invasión de especies exóticas como perros y gatos expone a los felinos a enfermedades, de las cuales no tienen inmunidad o que en condiciones naturales difícilmente les afectaría.

Pérdida de variabilidad genética por entrecruzamiento: las poblaciones pequeñas y aisladas corren el riesgo de perder la variabilidad genética, y con ello una menor adaptación y respuesta a los cambios del medio ambiente, lo que reduce la posibilidad de mantener la evolución.

Reducción de la tasa de reproducción: la baja disponibilidad de individuos puede generar un ambiente libre de machos o hembras y de que exista una tasa reproductiva muy baja; si sucede un evento catastrófico (como incendio o epidemias), la población puede desaparecer.